El nombre de la parroquia tiene su origen en la lengua quechua AMA: Negación y WAÑUNA: Morir, Amaguaña se traduce entonces como la TIERRA DE VIDA O TIERRA DEL NO MORIR.
 
Este apelativo responde básicamente a la presencia de vertientes en la zona, las cuales fueron conocidas desde épocas del reino de Quito y durante el periodo incásico eran visitadas frecuentemente por el Incas en busca de sanación, la vertiente más importante es Cachaco.


Durante la época colonial los habitantes de la zona realizaban actividades de mitas obrajes y encomiendas, posteriormente, de acuerdo al libro Quito comunas y Parroquias don amador Amaguaña paso a ser el cacique de la parroquia.
Originalmente los aborígenes que habitaban estas tierras se asentaron en lo que hoy son los barrios de Cuendina Yanahuayco y Carapungo, entendiéndose que el jefe ocupo un lugar privilegiado en la parte más alta que es Carapungo.
 
Se puede afirmar esto, por hallazgo de osamentas, vasijas de barro, herramientas, hachas de piedra, pequeños amuletos de oro y plata, los mismos que datan de la antigüedad y pertenecían a gente con rasgo superior a los demás numerosos datos se han vertido con el nombre de Amaguaña, algunos de ellos hipotéticos, en consecuencia, todavía sujetos a investigaciones de nuestra historia, entre leyendas y otros con diversos argumentos. Según E. Moreno Yánez nos dice: “Grin Chillo” conformaría la parte septentrional del Valle de los Chillos y “Anan Chillo” la parte meridional, datos estos que concuerdan con la toponimia actual, ya que la parroquia principal de la parte norte de Sangolquí y la del sur, Amaguaña, parecen ser epónimos de sus respectivos caciques: Amaguañuy, cacique de esta zona, y Sangoquiza, cacique de Sangolquí.
 
Algún otro historiador también menciona que Amaguaña significa “amor”, proveniente de Aymara, idioma que se propagó entre Bolivia y lo que es hoy Ecuador, por el intercambio que realizaba Atahualpa y sus antecesores con los indios llamados “mitimaes”.
 
Con seguridad el nombre de Amaguaña se conocía desde el año 1559, pues ya había un grupo de indígenas con ese nombre, por ello que Fray Agustín Moreno O.F.M. en el folleto titulado “Cien preguntas sobre los orígenes Franciscanos”, escribe: Los aillus de Cusibamba, Chambo, Punín, Tancao, Luisa, Calpi, Tisaleo, Yuracailluy, Alomalisa, Sigcho, Atusuyo, Caranqui, Mira, Otavalo, Panzaleo, Machachi, Chillogallo, Guayllabamba, Amaguaña, Tangay, Naura, de los Puruháes y Cangas empezaron ese año de 1559, a ser adoctrinados por los franciscanos.
 
Un dato importante encontramos en la revista “Centros Municipales de Formación Artesanal”, sobre los primitivos habitantes de la zona de Amaguaña. “Con la llegada de los Imbayas hasta Alangasí, se establecieron los Panzaleos, Uyumbichos, Caras y Quitus en este sector, siendo cuna de nobles, entre ellos hijos de doncellas, para luego aparecer nuevos apellidos como son: Quimbiurco, Quingas, Quiñas y otros más; Anchatipanes (Panzaleos), Tipanes, Tipantuñas, Quillupanguis, Sangolquíes, hoy Sangoquizas, Suquillos y Suntaxis”.
 
Ya en los primeros años de vida de esta población, y con la llegada de los españoles, se le denomina doctrinas de Amaguaña, con sus moradores (blancos), entre ellos Pedro Ampudia, hijo del fundador de Quito; Correas, Galves, Muñuscas, Gallardos, Villacís, Trujillos.
 
Como vía de información diremos que Amaguaña y gran parte del Valle de los Chillos fue un lago por unos días. En las historias de Teodoro Wolf, de Gonzáles Suárez, Aquiles Pérez, coinciden que con la erupción del Pichincha en Octubre de 1660, la más espantosa de todos los tiempos, se produjo una inundación del Valle de los Chillos a causa de un derrumbe del Sincholagua, por ello hubo la creencia de los habitantes del Valle de Tumbaco y de Chillo, que estos lugares hayan sido un tiempo, por lo menos algunos días, un gran lago. Los habitantes de estos valles tuvieron que evacuar temporalmente a las faldas del Pasochoa y del Rumiñahui.
 
Amaguaña como entidad parroquial y todo lo que ello configura en lo jurídico- administrativo, social y político, proviene de los primeros años de la colonia, cuando se crearon las reducciones o doctrinas.
 
Es precisamente la doctrina establecida en Anan Chillo incaico, dirigida por los Dominicos fundada el 12 de octubre de 1568, lo que se convertiría en la parroquia de Amaguaña desde un punto eclesiástico
 
Amaguaña Parroquia Civil. Es posible que la parroquia de Amaguaña sea civil desde la primera administración de Gabriel García Moreno y durante el período de 1861 – 1865. En la Convención Nacional del Ecuador, el 29 de mayo de 1861 en “La Ley sobre División Territorial”, que divide y demarca el territorio nacional, la que dispone que Amaguaña sea, entre otras 47 poblaciones parroquias del Cantón Quito, en la provincia de Pichincha. Pero no existe un decreto o acuerdo que designe, separadamente, a Amaguaña como parroquia civil. Debió nombrarse autoridad parroquial desde el año de 1861 en la que se acuerda la creación de la parroquia civil de Amaguaña; en los archivos de Amaguaña hemos encontrado desde 1863 a algunos servidores de Tenientes Políticos.
 
Antecedentes de la Parroquia de Amaguaña. La historia de Amaguaña es riquísima. Revela un pueblo en la busca de su destino. No se descarta, en el caso de los antiguos habitantes de Amaguaña, la posibilidad de que fuesen trasladados, algunos de los grupos más levantados y rebeldes, a lejanas tierras del Tahuantinsuyo. Así lo presume el eminente etno-historiador Costales (1960:389). Y Segundo Moreno nos dice en el Tomo N° 2 de la Nueva Historia del Ecuador:
 
“Los seis cacicazgos ubicados en los valles de Chillo y Tumbaco y que corresponden a los pueblos de Uyumbicho, Anan Chillo (Amaguaña), Urin Chillo (Sangolquí), El Inga, Pingolquí y Puembo, aunque variables en el tamaño, muestran estructuras sociales uniformes. En el interior de cada uno es el cacique un nexo económico centralizador, cuyos ingresos se derivan del trabajo de los ‘yana’, de la labor de las mujeres adscritas al hogar cacical, de las familias indígenas de servicio y del ‘tributo’ de los súbditos. Este último consistía en la entrega de la fuerza laboral con el fin de cultivar los campos de maíz adscritos a los caciques, ayudarles a la construcción y reparación de sus casas, traer leña y otras actividades. Entre los especialistas, los comerciantes (mindalaes) y cazadores ofrecían a los caciques productos acordes con su profesión. Podría afirmarse, por lo tanto, que los curacas recibían de sus súbditos el trabajo necesario para el mantenimiento del centro cacical, los productos naturales no modificados por el trabajo humano y las primicias del maíz, considerado como el producto más importante. Cada uno de los principales enajenaba, además, ciertas familias para el servicio de la casa del régulo, costumbre que correspondería a los turnos de trabajo conocidos en el Incario como ‘mita’.
 
La fuerza laboral permanente al servicio directo de los caciques estaba constituida por las mujeres y por los yanas. Al parecer, los señores eran poliginias y disponían de la energía laboral de varias mujeres, las que llevaban a cabo las labores domésticas, incluido el importante trabajo de hilar y tejer. La clase social más baja estaba formada por individuos cuya libertad personal estaba restringida, los ‘yanas’, cuya posición social podría compararse a la de los siervos europeos, aunque se ignoran los datos de su procedencia y acerca de las posibles causas originarias de este status (Salomón 1980:139-190). Documentos como la ‘Visita’ [Moreno se refiere a este documento: Visita y numeración de los pueblos del valle de los Chillos, 1551-1559 Landázuri N. Cristóbal, compilador. Quito, Ecuador : MARKA : Abya-Yala 300 313 p. ; 24 cm. 440 1480 ; 1 650 INDIOS DEL ECUADOR] aquí mencionada, permiten reconstruir, en gran parte, la ideología del cacicazgo. Además de la idealización del señor como áspero y vehemente, y en épocas preincaicas, aún con jurisdicción sobre la pena capital, aparece la asociación entre los mandatarios étnicos y la abundancia de medios de subsistencia expresada en términos de una generosidad institucionalizada.
 
Según el arquetipo ideal, la casa del gobernante étnico era un centro simbólico, no sólo de actividad política, sino también de un orden cósmico, por lo que la residencia cacical era diseñada, construida y reparada según cánones ceremoniales. Aun en las viviendas humildes era evidente la expresión de una armonía sagrada, pues sus puertas se abrían frecuentemente hacia el oriente para facilitar el ritual solar matutino, expresión que en las residencias de los nobles era más elaborada. Además de los objetos o sitios sagrados (las ‘huacas’), la propia vivienda cacical parece haber sido generalmente el lugar principal de la actividad ceremonial. La familia cacical fue invariablemente la más grande de la comunidad. Todavía en 1559, la familia de Don Amador Amaguaña, cacique de Anan Chillo, congregaba un total de 42 personas, todas aparentemente parientes suyos, proporción que puede aplicarse a los otros casos. Parecía que en el pensamiento aborigen, la posibilidad de agrupar una gran parentela fuera símbolo de alto prestigio, diametralmente opuesto a la existencia del individuo más o menos desconectado y solo, considerado como ‘huajcha’, es decir como huérfano y pobre (Salomon 1980: 196 y ss.).”
 
También pudo haber sido traído un grupo de mitimaes de origen Aymara, pues el nombre Amaguaña proviene del idioma Aymara que significa amor. (Así nos lo certifica el famoso Diccionario del siglo XVI Vocabulario de la lengua aymara de Ludovico Bertonio [Cochabamba, Bolivia: Ediciones CERES].) Un 10 por ciento de topónimos y otro 12 por ciento de antropónimos de la parroquia provienen de esta lengua.
 
Posiblemente lleva el nombre del cacique Amador Amaguaña, mandatario (señor étnico, principal cacique) de Anan Chillo. El mencionado Don Amador Amaguaña en efecto vivió, pues de él sabemos de testimonios en documentos de la época. Concretamente aparece en la Visita y numeración de los pueblos del valle de los Chillos, 1551-1559 (Compilador: Landázuri N. Cristóbal, Abya-Yala, Quito, Ecuador, 1990)
 
El maíz es el cultivo más importante, hay pues bases suficientes para reafirmar lo conocido por todos: el Valle de los Chillos ha sido la tierra del maíz desde la época de los aborígenes pre-incásicos. El maíz de Chillo, fue siempre famoso. Es así como la bandera de Amaguaña tiene 2 franjas horizontales, donde amarillo simboliza el maíz y celeste representa el cielo puro y limpio, y las aguas de sus ríos.